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CONFLEX
 
 
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CONFLEX 란?

CONFLEX 는 약물 발견 및 화학 공학에 중요한 역할을 하며, 빠르고 정확하게 자동 형태 검색 및 분석을 합니다. CONFLEX만의 특징은 분자의 conformational space를 완전히 검색하여 화학적으로 중요한 형태의 모든 최적 구조를 찾는다는 것입니다. CONFLEX는 사용자가 입력한 초기의 최적화 구조만 찾는 것으로 제한되지 않습니다.

 
CONFLEX 주요기능
구조적 공간 검색
결정 구조 계산 및 검색
geometry optimization 및 정상 진동 분석
외부 Gaussian 09/16 프로그램 호출
동적 반응 좌표 (DRC)
호스트-리간드 조정 검색
용매효과
파라미터 구성
CD / UV / Vis 스펙트럼
 
 
구조적 공간 검색
 
CONFLEX는 분자 구조를 자동으로 인식하고 링 및 체인 구조를 식별합니다. 그런 다음 CONFLEX는 링 구조에 대한 모서리 플랩 및 모서리 뒤집기, 측면 체인에 대한 단계적 회전과 같은 세 가지 perturbation methods를 적용하여 새로운 형태를 생성합니다. 이 모든 새로운 구조는 최적화되어 데이터베이스에 저장됩니다. 형태 검색의 목표 중 하나는 최소한의 구조를 찾는 것입니다. 그러나 분자 구조가 매우 유연한 경우, 많은 수의 conformer가 생성됩니다. 따라서 CONFLEX는 reservoir 알고리즘을 사용하여 항상 안정적인 구조에서 새로운 구조를 생성하여 제한 범위를 만듭니다. 이러한 알고리즘과 제한을 통해 CONFLEX는 형태 수가 폭발적으로 증가하는 것을 피할 수 있습니다.
 
결정 구조 계산 및 검색
 
CONFLEX는 분자 구조와 지정된 공간 그룹에 의해 정의된 대칭 연산에서 자동으로 결정 구조를 생성할 수 있습니다. CONFLEX는 결정 구조를 최적화하고 minimum energy 구조를 철저히 검색합니다. 또한 CONFLEX는 결정 에너지 또는 시뮬레이션 된 powder X- 선 회절 데이터에 따라 결정 구조의 순위를 지정할 수 있습니다.
 
geometry optimization 및 정상 진동 분석
 
CONFLEX는 geometry optimization 후 자동으로 일반 모드 분석을 수행합니다. 동시에 CONFLEX는 Gibbs free energy 등과 같은 열역학적 수치를 계산합니다.

CONFLEX는 geometry optimization 시 부분적으로 제한 할 수 있습니다.
 
Gaussian 09/16 프로그램 호출
 
CONFLEX 프로그램이있는 컴퓨터에 Gaussian 프로그램을 설치 한 경우 CONFLEX는 Gaussian을 호출하여 분자의 conformer를 최적화하고 검색 할 수 있습니다.

이 기능을 통해 CONFLEX는 분자의 부족한 force field parameter와 molecular force field로 처리될 수 없는 전자상태를 핸들링 할 수 있습니다.
 
동적 반응 좌표 (DRC)
 
DRC는 정상 진동 모드에서 계산된 초기 속도 벡터를 사용하는 분자 역학 계산 방법입니다.
이 특징은 다수의 분자 사이의 구성 변화 또는 큰 분자의 형태 변화에 적용 가능합니다.
 
 
호스트-리간드 조정 검색
 
CONFLEX는 Host-Ligand Coordination Search라는 기능을 가졌습니다. 이것은 복합 클러스터 또는 분자 클러스터의 에너지적으로 안정적인 configuration을 하는데 사용됩니다.
 
용매 효과
 
GB / SA 계산은 geometry optimization, 진동 분석 및 형태 검색에 적용됩니다. 또한 logP 값이 자동으로 계산됩니다.
 
파라미터 구성
 
사용자는 매개 변수가 없는 분자에 대해 force field parameter를 사용자 정의하거나 기존 매개 변수를 수정할 수 있습니다.
사용자 정의 매개 변수는 MMFF94s 매개 변수 세트에서만 해당됩니다.
 
CD / UV / Vis 스펙트럼
 
CONFLEX는 CD / UV / Vis 스펙트럼을 시뮬레이션 할 수 있습니다.
 
 
System Requirement
 

OS

  • Windows : 7, 8.1, 10
  • CentOS : 6.5-6.9, 7.2-7.5
  • mac : 10.12-10.13

Processor : >1.0GHz

Disk : >40GB

Memory : >1GB

 
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