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MOE(Molecular Operating Environment)
 
 
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MOE(Molecular Operating Environment)
MOE(the Molecular Operating Environment)는 생명과학 분야의 연구를 위해 Chemical Computing Group ULC. (CCG)에서 개발한 통합적인 소프트웨어 시스템입니다. 시각화, 시뮬레이션 및 애플리케이션 개발을 하나의 패키지로 통합시켰으며, 애플리케이션 환경과 Methodology 개발 플랫폼이 합쳐진 형태입니다.
MOE는 또한 분자 시뮬레이션, 단백질 구조 분석, 소분자의 데이터 처리, 단백질과 소분자의 도킹 연구 등을 통해 Drug design을 강력하게 지원합니다.

MOE에서 사용되는 고성능 프로그래밍 언어인 SVL(Scientific Vector Language)은 Vectorized 명령어, 스크립팅 언어, 애플리케이션 프로그래밍 언어라고 보실 수 있습니다. C언어와 포트란에 비해 코드 크기가 10분의 1 정도로 데이터량을 효율적으로 관리할 수 있습니다. MOE 애플리케이션에 대한 SVL 소스 코드는 최종 사용자에게 MOE와 함께 배포되며, 이를 통해 MOE 애플리케이션을 자유롭게 커스터마이징하거나 변경할 수 있습니다.

 
주요특징
 
Graphical User Interface (GUI)

MOE의 GUI는 PC에서 워크스테이션에 이르는 다양한 플랫폼에서 공통적인 작업 환경을 제공합니다. 메뉴와 패널도 커스터마이징이 가능하며 사용자 환경을 자유롭게 설정할 수 있습니다. 메인 화면에는 Small molecule 개발자를 위한 아미노산, 핵산, 탄수화물 창이 있으며, SMILES 형식 또한 입력할 수 있습니다. 분자구조 데이터는 계층적으로 관리되기 때문에 데이터를 참조하고 편집할 수 있으며, 분자 표면, 단백질 2차 구조, 수소 결합 등과 같은 다양한 디스플레이 기능도 제공하고 있습니다. MOE는 하드웨어 스테레오도 지원합니다.

 
Molecular Database Management

이 데이터베이스는 연산 화학에 사용되는 방대한 데이터를 효과적으로 처리하기 위해 MOE만의 MDB (Molecular Database)를 가지고 있으며, 스프레드시트 같은 사용자 인터페이스를 통해 고속으로 접속할 수 있습니다. 분자 동력학, conformational search, Compound 라이브러리 구축, QSAR 등 어떤 결과도 통일된 형식으로 저장하고 통계와 그래프로 분석할 수 있습니다. SD 파일과 ASCII 파일을 읽고 쓸 수 있으며, SD 파일 내용을 MDB 포맷으로 저장하여 디스크 공간을 1/5만 사용하고 저장할 수 있습니다. 예를 들어, MOE는 Protein Data Bank에서 non-redundant protein 도메인을 제공합니다.

 
SVL Source Code

SVL로 작성된 MOE 애플리케이션은 기본적으로 오픈 소스입니다. SVL Text Editor와 같은 개발 도구를 사용하면 사용자는 프로그램의 내용을 쉽게 참조하고 알고리즘이나 파라미터를 수정할 수 있습니다. SVL로 작성된 프로그램과 스크립트는 다양한 하드웨어에서 실행되며, Windows PC에서 개발된 애플리케이션도 코드 변경 없이 Linux PC, 워크스테이션 또는 Mac에서 실행될 수 있으며, 그 반대의 경우도 가능합니다. SVL 코드는 MOE가 실행되면 짧은 시간에 자동으로 로드되고 컴파일됩니다.

 
Cross-Platform and Various Modes of Usage

MOE의 교차 플랫폼은 기업 개발에 이상적입니다. MOE는 Microsoft Windows, MacOS 및 Linux에서 실행되며 다양한 모드로 사용할 수 있습니다. GUI 모드뿐만 아니라 웹 브라우저나 SOAP 애플리케이션을 통해 접속하는 웹 서비스 모드(MOE/web), 그리고 매우 큰 데이터 처리가 가능한 병렬 컴퓨팅 모드인 MOE/smp가 있습니다. 컴퓨터 화학 전문가뿐만 아니라 실험 과학자들도 그들의 목적에 가장 적합하게 사용할 수 있습니다.
 
License Style
  MOE는 Floatig License 형태로 지원됩니다. Floating License는 네트워크 환경에서 MOE를 작동시킬 수 있는 컴퓨터(또는 워크스테이션)들을 자유롭게 연결하여 사용하는 방식입니다. MOE 라이선스는 토큰 방식으로 운영되며, 보유하고 있는 토큰 수에 따라 어떤 머신이든 접속할 수 있습니다. MOE를 사용할 때 필요한 토큰 수는 모드(mode)에 따라 다릅니다:
 
Support Platform
 
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